Zij is gebouwd in de vroeg gotische tijd (eind 13e eeuw) en was in de toen nog Rooms Katholieke periode gewijd aan Johannes de Doper (Sint Jan). De klok, daterend uit de 16e eeuw, toont de naam van deze heilige, maar o.a. ook die van toenmalig pastoor heer Arent, die ongeveer 13 hectare land bezat en dit verhuurde voor fl. 3,00 per hectare. Als tenminste de dijken niet doorbraken, zodat het land onbruikbaar werd.   Na de Reformatie ging de kerk over in 'protestantse' handen, die veel dat herinnerde aan de 'Paapse mis' vernielden. De altaarstenen werden als drempels voor de ingang van de kerk en baarhokje neergelegd zodat zij "met de voeten werden getreden". Een van deze stenen is bewaard gebleven en heeft in de  voorkerk een   waardiger plaats gekregen. Aanvankelijk vormde Parrega samen met Hieslum en Dedgum een gemeente, later, in 1617, werd Dedgum bij Tjerkwerd gevoegd en kwam Greonterp ervoor in de plaats. In de 19e eeuw had de hervormde gemeente Parrega-Hieslum-Greonterp, evenals de meeste andere gemeenten uit de omtrek, liberale (zeg maar 'lichte') dominees. Dit veranderde toen ds. W.H. Harders als orthodox predikant de zaak 'recht' zette, met als gevolg dat de doleantie van 1886 (waar de gereformeerde kerken uit ontstonden) geen voet aan de grond kreeg.